Исследователи из онкологического центра Вандербильт-Ингрэм обнаружили новые гены, которые повышают риск развития рака толстой и прямой кишки у людей.
Исследователи провели крупное исследование транскриптомных ассоциаций (TWAS), а также альтернативный подход, называемый сплайсинг-TWAS, чтобы усилить открытие генов. Они обнаружили онкогенную роль двух ранее неизвестных генов, TRPSI и METRNL , и подтвердили предрасположенность к раку с помощью другого недавно обнаруженного гена, C14orfl66 . Результаты были опубликованы 23 августа в журнале Национального института рака .
«Чтобы идентифицировать новые гены предрасположенности к колоректальному раку, необходимы постоянные усилия. В нашем исследовании мы использовали новые данные секвенирования больших РНК и применили подход TWAS вместе с TWAS сплайсинга для улучшения открытия новых генов. Объединив этот популяционный анализ с функциональными исследованиями, мы можем получить более глубокое понимание биологических механизмов, ответственных за развитие колоректального рака, что может помочь в интерпретации генетических данных для профилактики и лечения этого распространенного злокачественного новообразования», — сказал руководитель исследования. автор, Синъи Го, доктор философии, доцент кафедры медицины и биомедицинской информатики.
Хотя с помощью полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) было обнаружено, что более 200 распространенных генетических вариантов связаны с колоректальным раком, гены-мишени и лежащие в основе биологические механизмы для подавляющего большинства этих локусов риска остаются неясными. Варианты риска, выявленные с помощью GWAS, объясняют лишь около половины наследственности колоректального рака. Исследования TWAS могут дополнительно выявить восприимчивость. Альтернативный подход, использованный исследователями, — сплайсинг-TWAS, остается практически неизученным при лечении колоректального рака.
Исследователи выполнили секвенирование РНК в нормальных тканях толстой кишки и включили данные генотипирования 423 потомков европейцев для создания моделей генетического прогнозирования экспрессии генов и альтернативного сплайсинга.
В общей сложности исследователи идентифицировали 57 генов, связанных с риском колоректального рака, объединив результаты исследований TWAS и исследований сплайсинга-TWAS. Шестнадцать из них не были зарегистрированы в исследованиях GWAS.
Это исследование считается первым крупным исследованием, в котором используется подход TWAS для систематического изучения связи генетически предсказанного альтернативного сплайсинга с риском колоректального рака. Будущие анализы TWAS с использованием этих передовых подходов, вероятно, выявят дополнительные гены, важные для риска развития рака, говорят исследователи в исследовании. Они отметили, что ограничением исследования является то, что оно было ограничено европейским происхождением и что необходимы дальнейшие исследования для оценки значимости этих генов в неевропейских популяциях.
https://news.vumc.org/2023/09/12/study-finds-new-genetic-susceptibilities-for-colon-cancer/
