Сообщения с тегами: ген

Исследователи из онкологического центра Вандербильт-Ингрэм обнаружили новые гены, которые повышают риск развития рака толстой и прямой кишки у людей.

Исследователи провели крупное исследование транскриптомных ассоциаций (TWAS), а также альтернативный подход, называемый сплайсинг-TWAS, чтобы усилить открытие генов. Они обнаружили онкогенную роль двух ранее неизвестных генов, TRPSI и METRNL , и подтвердили предрасположенность к раку с помощью другого недавно обнаруженного гена, C14orfl66 . Результаты были опубликованы 23 августа в журнале Национального института рака .

«Чтобы идентифицировать новые гены предрасположенности к колоректальному раку, необходимы постоянные усилия. В нашем исследовании мы использовали новые данные секвенирования больших РНК и применили подход TWAS вместе с TWAS сплайсинга для улучшения открытия новых генов. Объединив этот популяционный анализ с функциональными исследованиями, мы можем получить более глубокое понимание биологических механизмов, ответственных за развитие колоректального рака, что может помочь в интерпретации генетических данных для профилактики и лечения этого распространенного злокачественного новообразования», — сказал руководитель исследования. автор, Синъи Го, доктор философии, доцент кафедры медицины и биомедицинской информатики.

Хотя с помощью полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) было обнаружено, что более 200 распространенных генетических вариантов связаны с колоректальным раком, гены-мишени и лежащие в основе биологические механизмы для подавляющего большинства этих локусов риска остаются неясными. Варианты риска, выявленные с помощью GWAS, объясняют лишь около половины наследственности колоректального рака. Исследования TWAS могут дополнительно выявить восприимчивость. Альтернативный подход, использованный исследователями, — сплайсинг-TWAS, остается практически неизученным при лечении колоректального рака.

Исследователи выполнили секвенирование РНК в нормальных тканях толстой кишки и включили данные генотипирования 423 потомков европейцев для создания моделей генетического прогнозирования экспрессии генов и альтернативного сплайсинга.

В общей сложности исследователи идентифицировали 57 генов, связанных с риском колоректального рака, объединив результаты исследований TWAS и исследований сплайсинга-TWAS. Шестнадцать из них не были зарегистрированы в исследованиях GWAS.

Это исследование считается первым крупным исследованием, в котором используется подход TWAS для систематического изучения связи генетически предсказанного альтернативного сплайсинга с риском колоректального рака. Будущие анализы TWAS с использованием этих передовых подходов, вероятно, выявят дополнительные гены, важные для риска развития рака, говорят исследователи в исследовании. Они отметили, что ограничением исследования является то, что оно было ограничено европейским происхождением и что необходимы дальнейшие исследования для оценки значимости этих генов в неевропейских популяциях.

https://news.vumc.org/2023/09/12/study-finds-new-genetic-susceptibilities-for-colon-cancer/

Методы

Был произведен дифференциальный анализ OSBPL3, и была проанализирована корреляция между клинической стадией и OSBPL3. Множественный анализ был использован для сравнения взаимосвязи между выживаемостью пациентов и вариациями числа копий, однонуклеотидным вариантом и статусом метилирования. Были проанализированы различия в выживаемости между группами с высокой и низкой экспрессией OSBPL3. Были получены дифференциально экспрессированные гены (DEG) между группами с высокой и низкой экспрессией OSBPL3, и был реализован анализ функционального обогащения. Были проанализированы корреляции между иммунными клетками и OSBPL3. Сравнивали чувствительность к лекарственному средству между двумя группами экспрессии OSBPL3. Кроме того, экспрессия OSBPL3 была подтверждена с помощью иммуногистохимии и количественной ПЦР в реальном времени.

Полученные результаты

OSBPL3 по-разному экспрессировался в 13 опухолях и имел некоторые корреляции со стадиями T и N. Экспрессия OSBPL3 регулировалась метилированием, а более высокая экспрессия OSBPL3 была связана с более плохим прогнозом при КРР(колоректальный рак). Было получено 128 ДЭГ, которые в основном участвовали в активности активатора сигнальных рецепторов, метаболизме аспартата и глутамата. Гамма-дельта Т-клеток и фолликулярные хелперы Т-клеток значительно различались в группах с высокой и низкой экспрессией OSBPL3. Более того, OSBPL3 показал отрицательную корреляцию с несколькими препаратами. OSBPL3 значительно активировался в образцах КРР по сравнению с нормальными образцами.

Выводы

Всесторонний анализ показал, что OSBPL3 имеет потенциальную прогностическую ценность и руководящую значимость для химиотерапии КРР.

https://bmcgastroenterol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12876-023-02824-1